有機肥料體積龐大，肥效緩慢、養分含量低，因此，貯存和運輸多較費工，施用也不方便。有機肥料含有植物所需的各種養分和培肥土壤的有機質，所以，有機肥料不僅能增加土壤養分、為植物提供養分，而且對提高土壤肥力、改良土壤及改善土壤生態等方面都有著重要的作用。有機肥料含有植物生長必需的大量元素和微量元素。營養物質多為有機狀態，經過微生物的分解，能轉化為可溶性的能被植物直接吸收利用的養分。農用發酵魚粉有機肥料中的有機物質，如氨基酸、醯胺、可溶性糖類和磷脂等，是植物有機營養的重要來源。有機肥料腐解過程中產生的胡敏酸、生長素、激素等活性物質，對改善植物營養、加強新陳代謝、促進植物根系發育、刺激植物生長和提高植物對養分的利用等都有重要作用。有機肥料屬於遲效性肥料，它養分分解緩慢，不易淋失，肥效長，不僅當年有效，而且後期效果也長，所以能較長時間地持續供給植物礦質養分、有機養分、二氧化碳等。增加土壤中多種養分的含量施用有機肥料能增加土壤中各種養分的含量。同時有機肥料經土壤微生物的分解，使遲效養分轉化為速效養分，並且在分解過程中常常產生有機酸和無機酸，能促進土壤中一些難溶性無機養分的溶解，從而增加土壤速效養分。所以，施用有機肥料能增加土壤的潛在養分和速效養分。